O Conselho Universitário (CONSU) está entre os organismos centrais da Universidade do Estado do Amapá, como órgão de deliberação superior coletiva, cuja composição e atribuições são conferidas pelo Estatuto da Universidade e pelo Regimento Geral. O Conselho Universitário (CONSU) da UEAP está composto por:
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Reitor (presidente);
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Vice-reitor, (Vice-Presidente);
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Pró-Reitor de Graduação;
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Pró-Reitor de Extensão;
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Pró-Reitor de Pesquisa e Pós-Graduação;
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Pró-Reitor de Planejamento e Administração;
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Coordenadores dos Cursos de Graduação;
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Um representante de classe dos professores da UEAP;
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Um representante do quadro técnico-administrativo da UEAP;
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Um representante discente dos cursos de graduação, escolhido em assembléia pelos seus pares;
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Um representante discente dos cursos de pós-graduação, escolhido em assembléia pelos seus pares;
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Um representante da Secretaria de Estado da Administração;
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Um representante da Secretaria de Estado do Desenvolvimento Rural;
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Um representante da Secretaria de Estado da Ciência e Tecnologia;
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Um representante da Secretaria de Estado da Educação;
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Um representante da Secretaria de Estado da Indústria e Comércio e Mineração;
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Um representante da Secretaria de Estado do Planejamento;
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Um representante da Secretaria de Estado do Trabalho e Empreendedorismo;
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Um representante do Instituto de Pesquisas Científicas e Tecnológicas do Estado do Amapá;
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Um representante da Federação das Indústrias do Estado do Amapá;
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Um representante do Sindicato dos Servidores Públicos em Educação no Amapá;
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Um representante do Serviço de Apoio às Pequenas e Médias Empresas (SEBRAE).